挂马查杀方法一般是什么原因导致的 我按这几步弄好了

上周站里被挂马，首页多了段陌生JS，百度快照里也有。我就在七评CMS后台「系统」→「文件校验」里比对核心文件，发现两个php文件被改，记下路径。接着进「内容」→「附件管理」，把非近期上传、文件名带随机串的附件全筛掉。然后去服务器把这两个文件用同版本原文件覆盖，改回644权限。顺手把「系统」→「安全设置」里的上传后缀白名单补严，去掉php、phtml。做完清缓存，再看首页源码，多的那段没了。挂马查杀方法说到底先断上传口再清文件，顺序反过来容易复发。不过覆盖前记得备份，我这做法不知道会不会影响别处调用，有更省事的办法吗？